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BIOVIA Pipeline Pilot

製品概要

BIOVIA Pipeline Pilot は高いパフォーマンスを誇るサイエンティフィック・インフォマティクス・プラットフォームです。研究における技術革新サイクルの最適化、業務効率の向上、研究およびITにかかるコストの削減を支援します。さまざまな場所に保存されている膨大な研究データへ総合的で、管理されたアクセスを提供します。また、データの科学的解析を自動化することや、組織内のユーザー全員が研究結果をすばやく検索、可視化して報告できるようにし、より広範な科学コミュニティでのコラボレーションを促進します。

BIOVIA Pipeline Pilot では、シンプルなデータ形式（文字や数値データ）と、複雑な科学的データ形式（例えば、画像や化学構造、遺伝子配列など）の両方を扱うことができます。

ダッソー・システムズ株式会社HP

主な機能

• 文字、数値、複雑な科学的データ（化学構造、遺伝子配列、画像など）といったデータの管理、解析、レポート作成
• 要件の収集とプロトタイプ化を支援し、最終的な運用システムに直接結びつける、技術者、開発者、専門家向けの高速なアプリケーション開発環境
• データの取得、操作、計算によるフィルタリング、表示を行う柔軟なコンポーネント
• SOAP/Webサービス、Perl、Java、コマンドラインアクセスなどの標準的な技術を使用した、コンポーネントの「独自開発」機能
• 柔軟性のあるサービス志向のアーキテクチャ
• さまざまな科学的専門分野を網羅した、実績ある科学コンポーネントとベストプラクティス・ワークフロー
• 主なコンポーネントコレクション
  • 化学
  • 生物学
  • 画像処理
  • 統計解析及び機械学習
  • テキストマイニング
  • 実験データ解析
• Microsoft SharePoint や Microsoft Office アプリケーション、化学物質登録データベース、画像データ管理システム、また、PubMed、PubChem、特許データベース、RCSB(遺伝子配列データおよびタンパク質構造)、BLAST(配列データベース)などのオンラインデータソースといった、サードパーティ製のアプリケーション、データベース、既存の科学インフラストラクチャの統合。Pipeline Pilotのオープンアーキテクチャは、ODBCやJDBC、Webサービスに準拠した、さまざまなサードパーティ製データソースへのアクセスを実現します。

適用分野

• 製薬
• 化学
• 食品
• 石油・ガス
• 自動車
• 航空宇宙
• エネルギー
• バイオテック企業
• ナノテク企業
• 大学、研究機関
• 防衛

Pipeline Pilotのコンポーネントコレクション

化学

Chemistry Collection	化学的な知見に基づいたフィルタ機能と学習機能を用いて、データベースの化合物を分析、プロファイル、管理を行います。ベンダーのフラットファイルと直接化合物を比較し、計算値などの適切なプロファイルを用い、新しい分子を同定します。反応やMarkushライブラリをエニュミレーション解析します。ケミストリーファミリーから、共通する核や管能基のヒットリストを特定します。Pipeline Pilot とサードパーティのプロセスをシームレスに使用してすべての分析を自動化し、化学分析手順を実行します。
ADMET Collection	合成候補物、ベンダーライブラリ、スクリーニング化合物のような分子コレクションに対して、吸収、分布、代謝、排泄、毒性 (ADMET)の特性予測を計算します。コレクションには、ヒト腸管吸収、水溶性、脳関門浸透性、血漿タンパク結合、チトクロームP450 2D6阻害性、肝毒性に対するモデルが含まれます。

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生物学

Gene Expression Collection	個別の標的遺伝子に関する、遺伝子発現実験の表示、解釈、アノテーション、レポート作成を行います。コアとなる機能は、オープンソースのゲノム解析のBioConductorに基づいています。 Pipeline PilotのGUIを使うことで、プログラムを書くことなく、複雑なワークフローを作成できます。配列解析、テキスト解析、レポート作成など、他のPipeline PilotベースのプロセスとGeneExpression Collectionの解析を連動できます。Sequence Analysis Component Collectionモジュール方式のツールをグラフィカルに結合して、実際のバイオインフォマティクス・ワークフローを構築し、配列解析、アノテーション、配列比較を行います。配列解析用の100を超えるコンポーネントとして、BLAST、ClustalWなどの使い慣れたアルゴリズムを使用します。JavaやPerlで新しいコンポーネントを作成したり、EMBOSSと統合するなど、システムを拡張できます。
Mass Spec for Proteomics Collection	Mass Spec for Proteomics Collectionは、プロテオミクスおよびメタボロミクスのワークフローを作成して自動化するための包括的なコンポーネントセットとサンプルプロトコルを提供します。このプロトコルでは、処理ステップを把握し、コンポーネントに実験データを流して、結果の読み取り、書き込み、可視化、操作、解析、比較、公開を行います。データモデルは大容量ファイルの迅速な処理をサポートし、複数のレベルで詳細情報を保持します。Pipeline Pilotのグラフィカルなプロトコル作成機能を利用すれば、ペプチドとタンパク質の同定や差異のプロファイリングといった複雑なデータ分析処理を、コードを書くことなく簡単に作成できます。
Next Generation Sequencing Collection	次世代シーケンサー（ NGS ）から出力されるデータの取得に対応しています。また、アセンブリやマッピング、さらにはSNP、コピー数多型、RNA-Seq、ChIP-Seq などの次世代シーケンス解析のためのコンポーネントが豊富に揃っており、ワークフローの構築・自動化により、解析にかかる時間と労力の削減をサポートします。
Sequence Analysis Collection	核酸やアミノ酸のホモロジー検索、配列アノテーション、マルチプルアラインメント等、広く使用されているバイオインフォマティクス向けのコンポーネントを提供します。

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材料のモデリングおよびシミュレーション

BIOVIA Materials Studio Collection	Pipeline Pilot データパイプライン環境で、Materials Studio Component Collectionを使用すると、Reflex や Reflex QPA などの分析機能、QSAR Plusパッケージの主要な機能、MaterialsScript APIで作成されたスクリプトをPipeline Pilotプロトコルに統合するユーティリティなどMaterials Studioの主要なモデリング機能を使用できます。
Polymer Properties Collection	Pipeline Pilot Polymer Properties Collectionは、大量のアモルファスホモポリマーやランダムコポリマーを、繰り返し単位情報、分子量、温度から迅速に推定する手段を提供します。このコレクションには、J. Biceranoの Prediction of Polymer Properties (Marcel Dekker, NY, 2002)の公開モデルと、自社開発の化合物または訓練セットのための拡張可能なモデルが含まれています。Polymer Properties Collectionは、対象の重合体を示す単量体の繰り返し単位を指定し、予測する物性を選択するだけで使用できます。

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レポート作成と可視化

Reporting Collection

Reporting Collectionは、データ解析やデータマイニングの結果を表示するレポートやWebアプリケーションを作成してカスタマイズするための包括的なコンポーネントセットです。コンテンツやレイアウトを自由に制御できるため、同僚と知識を共有するための効率のよりコミュニケーションツールを作成できます。Webページ、Microsoft Officeアプリケーション、PDFなどさまざまな形式で作成でき、テキスト、表、グラフを使用できます。Webレポートに対話機能を追加すると、データの検討に役立つ強力な環境を構築できます。作成したWebアプリケーションは他の人と共有できるため、自ら所有するデータのほか、同僚のデータも参照することができます。Webアプリケーションの展開は、WebPort、SharePoint、RSS経由、または一般のWebブラウザに対して行えます。

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データベースとアプリケーション統合

Integration Collection

Integration Collectionで、Java、Perl、VBScript、SOAPに基づいた社内やサードパーティの既存プログラムをPipeline Pilotと統合します。 ODBC、JDBCを利用してOracleからの分析・レポーティング用にデータを抽出し、また結果を直接データベースに格納できます。

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画像処理

Imaging Collection

Imaging Collectionでは、画像データの高精度化、処理、解析、統合、カタログ化、検索、レポート作成に関する高度な機能を提供しており、Pipeline Pilotのワークフロー自動化機能と視覚的なプログラミング機能を企業の画像情報処理に活用することができます。画像データと数値データ、化学データ、グラフィックデータ、テキストデータをまとめて、統一的な計算フレームワークに統合します。テンプレートプロトコルにより、カスタムのドリルダウン・レポート作成機能、画像のリンク機能を迅速に開発できます。高度な学習コンポーネントは教師有り型と教師無し型があり、クラス最高レベルの処理機能を備えています。Pipeline Pilotのオープンプラットフォームでは、標準的な画像ファイル形式のほぼすべてに対応しています。

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分析と機械学習　

Data Modeling Collection	ラーニング、データモデリングツール、統計フィルター、大規模なデータに最適化されたクラスタリングコンポーネントを使用して、効果的なデータモデリングを実行します。Pipeline Pilotの標準機能を拡張し、統計的な予測のモデリングを行って、データマイニングを適用します。高速なデータクラスタリング、ベイジアン学習、主成分解析、線形回帰、部分最小二乗回帰など効果的な手法を使用します。構造活性相関モデル、化合物のクラスタリング、および共通する最大の基礎構造探索を実行します。
Advanced Data Modeling Collection	Recursive Partitioning (RP法) および Multiobjective Pareto Optimization法の高度なデータモデリング法を利用します。RP法はSingle TreeおよびForest of Treeの学習モデルのコレクションが利用できます。この方法では1つまたは複数の応答変数 (Response Variables) を学習できます。Pareto Optimization Componentは、多目的最適化問題に対する手法を含んでおり、部分的に矛盾する複数の目的間で、トレードオフする基準を解決する方法を提供します。
R Statistics Collection	R Statistics Collectionは、知見に富んだ解析、情報に富むグラフ表示、そしてデータの裏付けされた意思決定を行います。データ操作、クラスタリング、モデル学習、古典的、予備的なデータ解析に対する統計手法を実行するコンポーネントがあります。統計解析エンジンは、広く使用されているR統計パッケージです。R 統計解析とデータ操作法を Pipeline Pilot のデータフローに適用します。また、R からの出力結果を Pipeline Pilot に組み込み、さらに解析できます。学習法のサンプリングには、部分最小二乗、ニューラルネット、サポートベクタマシンなどがあります。独自のRスクリプトをR Custom Scriptコンポーネントに追加すると、コレクションを簡単に拡張できます。

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ドキュメント検索と分析

Text Analytics Collection	テキストマイニングを利用して、実験結果の補完に不可欠な知見を得ることができます。文献検索、特性解析、分析によって新しい情報で処理ルーチンを強化できます。探索、抽出、特性解析の手順を自動ルーチン化することで、最も困難なテキストマイニングの目的を実現します。テキストマイニングを既存のプロトコルに統合し、そのプロトコルを自動的に実行します。
ChemMining Collection	知的所有権(IP)の状況を調査し、公開資料と内部資料を化学的な知識を持ってテキストマイニングすることで、重複した研究を回避します。ChemMining Collectionでは、テキスト文書の中に化学名を見つけると、操作できるように実際の化学構造に変換します。同時に複数の文書を検索し、検出された化学構造を示すレポートを作成できます。また、大量の文書を処理して、検出した化学構造を検索可能なデータベースを作成できます。疾患プロセスや生体分子に関連する用語など、重要な専門用語に対して化学構造検索とテキスト検索を組み合わせて、完全に文脈に依存する化学的な知識に基づいた検索を行えます。

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ラボラトリ向け

Plate Data Analytics Component Collection	プレートデータの読み書き、レポート作成、表示、編集、計算ができます。また、プレートやウェルの情報をデータパイプライン上で扱うことができ、様々な操作が可能です。さらにPipeline PilotのGUIを使うことで、プログラムを書くことなく、スクリーニング結果の分析に必要な複雑なデータ解析手法が使えます。Integration Collectionを使うことで、プレートデータをデータベースに登録したり、呼び出したりできます。
Analytical Instrumentation Collection	Analytical Instrumentation Collectionを使用すると、分析実験室で生成したデータにPipeline Pilotからアクセスし、データの処理や共有を行えるようになります。また、分析データの処理を合理化し、レポートを生成して、結果を他の部門と簡単に共有できます。このコレクションでは、NMRの機能として、ピーク同定、ピーク化の面積特定、線幅分析、バックグラウンド検出と除去、スペクトルの補完、トランケーション、スケーリング、スムージング、スペクトルの減算、汎用的フーリエ変換といった、一般的なデータ処理をサポートしています。

 

弊社はBIOVIA製品の正規販売代理店です。